Okulumuz, Kayseri eşrafından H.Mehmet KIRANATLI tarafından 10.095 m2  arsa üzerine inşa ettirilmiş olup şehrin en merkezi konumunda yer almaktadır.

1985-1986 eğitim-öğretim yılında Kayseri Merkez İmam-Hatip Lisesi bünyesinde ve onun bir şubesi olarak eğitim-öğretime açılmıştır.

1995 Aralık ayında müstakil hale getirilmiş olan okulumuz, Kocasinan Mustafa Germirli İmam-Hatip Lisesi adıyla eğitim-öğretimine devam etmiştir. 2004-2005 Öğretim yılına kadar kendisine bağlı bir pansiyon binası ile sadece erkek öğrencilere hitap eden okulumuz, 2005-2006 eğitim-öğretim yılında kapılarını kız öğrencilere de açmıştır.

2006-2007 Öğretim yılında ise Bakanlığımız Din Öğretimi Genel Müdürlüğünün aldığı bir kararla tamamen yabancı uyruklu öğrencilerin eğitim gördüğü bir kurum haline dönüştürülmüştür.

2013-2014 öğretim yılında ise Uluslararası statüsüne kavuşan okulumuz bu tarihten itibaren Uluslararası Mustafa Germirli Anadolu İmam Hatip Lisesi ismini almıştır.

2015-2016 yılından itibaren Din Öğretimi Genel Müdürlüğünün aldığı karar doğrultusunda Türk öğrenci de almaya başlamıştır.

2016-2017 öğretim yılında Uluslararası İHL nin Şehit Ömer HALİSDEMİR anadolu ihl ye taşınması ile okulumuz,İmamhatip Ortaokuluna dönüşmüştür. Mustafa GERMİRLİ İmamhatip Ortaokulu adı ile ´´Örgün eğitim ile birlikte Hafızlık projesi´´nin uygulandığı bir ´´proje´´ okul olarak eğitim hizmetine devam etmektedir.