Okulumuzun markalaşmış adı haline gelen Germirli isminin ilk harfi olan G, İmam Hatiplerin simgesi haline gelen hilali simgelemektedir. Bu harf, okulumuzun eğitimde iki ana ekseni olan akademik eğitim ve hafızlık eğitimini ifade bağlamında iki farklı renk ile vurgulanmıştır. Kayseri şehrimizin simgesi olan Selçuklu yıldızı da hem şanlı bayrağımızdaki yıldızı simgelemekte hem de eğitim anlayışımızda temel bir yere sahip olan ahlaklı ve bilinçli nesiller yetiştirme hedefimizi simgelemektedir. Aynı zamanda turuncu renk ile vurgulanan bölüm "Germirli'de Okumaya Değer" mottosuna uygun olarak mutlu bir çocuğu simgelemektedir. Çift kanatlı eğitime de işaret vardır.